Jaukijaus krikščioninimas buvo tai, kas 1609 m. Leido religijai išplisti, skverbiantis į Sonoros teritoriją.
Kolonijos metu Sonora atitiko tik Sierra Madre Occidental šlaitus šio subjekto ribose. Regionas, bėgęs į šiaurę nuo Jaqui upės, įskaitant Real de la Cieneguilla, buvo vadinamas Pimería Baja, o šiauriausias regionas nuo to Realo iki Kolorado upės - jau dabartinėje Šiaurės Amerikos Arizonos valstijoje - buvo vadinamas Pimería Alta.
Dabartinė Sonorano teritorija taip pat apima nedidelį regioną, esantį pietvakariuose nuo tada vadinamo Pimería, esančio Čihuahua ir Ostimuri valstijoje - vietoje, esančioje Kalifornijos įlankos pakrantėse, tarp Mayo ir Yaqui upių.
1614 m. Misionieriai Pérezas de Rivasas ir Pedro Méndezas kristianizavo Ostimuri apylinkės majus, padalindami misiją į tris rajonus: Santa Cruz (prie Majo žiočių), Navojoa ir Tesia.
Tepahue kartu su Cornicaris buvo įkurta 1620 m. Tėvas Miguel Godínez įkūrė San Andrés de Cornicari ir Asunción de Tepahui misijas. . Tais pačiais metais buvo įkurtas San Ignaco rektoratas, kuris, be penkių anksčiau paminėtų misijų, apėmė Bacúm, Torín ir Rahún misijas, esančias prie Jaqui žiočių.
1617 m. Yaquis atsivertė tėvai Pérezas de Rivasas ir Tomásas Basilio. Nepaisant kančių sukilimų, riaušių, kančių ir žmogžudysčių, Sonoros atsivertimas buvo greitesnis ir labiau įtvirtintas. Iki XVII a. Jėzuitai išplėtė Maycobos ir Yecoros misiją pietvakarinėje to, ką jie žinojo kaip Chínipas, dalyje.
Misijos nuo Jaqui upės į šiaurę buvo suskirstytos į keturias rektorijas: San Borjos misijos grupavo: Cucumaripa ir Tecoripa , įkurta 1619 m. Movas ir Onovas, 1622 m. Sahuaripa 1627 m. Matape 1629 m. Onapa 1677 m. Ir Arivechi , Trijų Japonijos kankinių rektoratas, į kurį įėjo Batuco, įkurtas 1627 m., Oposura 1640 m. ir Bacadeguachi. , Guazavas , Santa María Baceraca ir San Miguel Bavispe , įkurta 1645 m. Ir San Javiero rektoratas, integravęs Ureso misijas 1636 m. Aconchi, Opodepe ir Banámichi 1639 m. Cucurpe ir Arizpe 1648 m., O Cuaquiárachi 1655 m.
1687 m. Misionierius Eusebio Francisco Kino įžengė į Pimería Alta ir pradėjo Nuestra Señora de los Dolores rektorato misijas, įkurdamas: Caborca, kuriai buvo paskirtas Francisco Javier Saeta, palaikantis korespondenciją su savo dvasine parama. Kino; Atil, Tubutama, Skausmo Dievo Motina de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera ir Imuris.
Išstūmus jėzuitus, misijos buvo atsakingos už pranciškonus, kurie daugiau nestatė ir apsiribojo tik bandymu išsaugoti esamus. Kai jėzuitai jau buvo įkūrę gyvenvietes Sinaloa ir Sonoroje, jie nukreipė akis į Kalifornijos teritoriją.
