Šių tolimų kraštų kolonizacija buvo pasiekta nesvyruojančios jėzuitų misionierių grupės valios ir nenuilstamo darbo dėka, kurie, žinodami, kad užkariautojai nesugebėjo sutramdyti aborigenų, nusprendė jiems pristatyti evangeliją, taip žodžiu pasiekdami tai, kas to nepavyko pasiekti ginklais.
Taigi, XVII a. Pabaigoje, entuziastingai imantis jėzuito Eusebio Kino iniciatyvos, gavus Ispanijos valdžios leidimą pradėti ekspediciją iš Admirolo Isidro Atondo y Antillón, misionieriai atvyko į tuomet, kaip manoma, salą, evangelizuoti jos nesutramdytus gyventojus. Norėdama suteikti leidimą, Karūna iškėlė sąlygą, kad užkariavimas būtų vykdomas Ispanijos karaliaus vardu ir kad patys misionieriai gautų išteklių įsipareigojimui įvykdyti.
Pirmąją misiją - Santa María de Loreto - 1697 m. Įkūrė Tarahumaroje buvęs tėvas José María Salvatierra, kurį tėvas Kino pasiūlė atlikti didelius darbus. Santa María de Loreto daugiau nei šimtą metų buvo politinė, ekonominė ir religinė Kalifornijos sostinė.
Per ateinančius tris ketvirčius amžiaus misionieriai įkūrė aštuoniolikos puikių tvirtovių grandinę, sujungtą jų pačių nutiestu vadinamuoju „karališkuoju keliu“, jungiančiu Los Cabos regioną pusiasalio pietuose iki dabartinės sienos su mūsų kaimynas šiaurėje; Tai buvo įmanoma, nes tarp misionierių buvo kapelionų, turinčių žinių apie statybą ir hidrotechniką.
Iš šių baisių konstrukcijų kai kurie išlieka nepriekaištingos būklės, pavyzdžiui, San Ignacio, vienas gražiausių ir geriausiai išsilaikiusių, kurį 1728 m. Pastatė kunigas Juanas Bautista Luyando; San Francisko Javiero, įkurto 1699 m., kurį sudarė kukli Adobe koplyčia ir kunigo namas, kurį pastatė Fray Francisco María Piccolo; dabartinį pastatą 1774 m. pastatė tėvas Migelis Barco ir dėl savo gražios architektūros jis buvo laikomas „Baja California Sur misijų brangakmeniu“; Santa Rosalía de Mulegé, kurią 1705 m. įkūrė tėvas Juanas María Basaldúa, 117 kilometrų į šiaurę nuo Loreto, buvo viena geriausių vietų, nes ji buvo pastatyta oazėje prie jūros.
Misijos sujungė architektūros grožį ir apdailos turtingumą su praktine aplinka, kuri leido aplink juos įkurti nuolatines gyvenvietes. Misionieriai ne tik evangelizavo aborigenus, bet ir mokė juos dykumą paversti datulių palmėmis; jie pristatė gyvulius ir augino kukurūzus, kviečius ir cukranendres; Jie sugebėjo priversti žemę auginti vaismedžius, tokius kaip avokadas ir figos, ir, norėdami laikytis religinių apeigų, reikalaujančių vyno ir aliejaus, gavo leidimą auginti vynmedžius ir alyvmedį, kuris buvo draudžiamas likusiose vietovėse. Ispanija, todėl šiandien šiame regione gaminami puikūs vynai ir alyvuogių aliejus. Ir jei viso to nepakaks, jie taip pat pristatė pirmuosius rožių krūmus, kurie klestėjo šiose žemėse ir kurie šiandien puošia viso pusiasalio parkus ir sodus.
